Merseburg liegt am östlichen Rand der Querfurter Platte überwiegend am linken Ufer der Saale, in die im Stadtgebiet die Geisel mündet. Die Stadt bildet das Tor zur schlösser- und burgenreichen Region des Saale-Unstrut-Tales. Nordöstlich grenzt Merseburg an die Saale-Elster-Aue, westlich an die Region Unteres Geiseltal.
Stadtgliederung
Zum Stadtgebiet gehören die Orte Merseburg, Annemariental, Atzendorf, Beuna (Geiseltal), Blösien, Elisabethhöhe, Freiimfelde, Geusa, Kötzschen, Meuschau, Neumarkt, Trebnitz, Gut Werder und Zscherben.
Nachbargemeinden
Angrenzende Gemeinden von Merseburg sind Schkopau im Norden, Leuna im Süden sowie Braunsbedra und Bad Lauchstädt im Westen. Der Ort Schkopau liegt 6 km nördlich von Merseburg, die Stadt Leuna 5 km südlich. Infolge von Eingemeindungen grenzen Ortsteile von Schkopau und Leuna im Osten an Merseburg.